Alle uitgeverijen waarvoor ik werk, houden aan dat gedachten niet tussen aanhalingstekens komen te staan en ook niet worden gecursiveerd als duidelijk is uit de context dat het een gedachte is. Als er geen tekstuele markering is dat het om een gedachte gaat, wordt de zin wél gecursiveerd. In jouw voorbeeldzinnen zou dat er zo uit zien: 

- Bij de kerstlunch vertelt hij met twinkelende ogen over een zelfgemaakte taart. Zelf dus, denk ik, en niet door zijn vrouw!*
- Ik haal het onkruid in de schuin oplopende borders weg. Dat verdomde riet ook overal. Ik krijg pijn aan mijn rug. 
- Een persoon loopt ervoor. Dat zal de begeleider van de uitvaart zijn. Aan de overkant staat een collega op de weg. 

Overigens worden de gedachten in een eerstepersoonsperspectief vaak niet gecursiveerd, omdat de hele tekst in principe direct door de ogen (en dus de gedachten) van het personage verteld wordt. Daardoor is het onderscheid tussen de 'vertellerstekst' en de gedachten van het personage zo klein dat het weinig zinvol is om dat visueel te markeren. Als je bijvoorbeeld die tweede voorbeeldzin in een dagboek zou schrijven, zou je hem ook niet cursiveren om aan te geven dat die zin jouw mening weergeeft; je hele dagboek is immers een verzameling van jouw gedachten en meningen. 

Tot slot: Aanhalingstekens komen vrijwel altijd ná de punten, komma's, vraagtekens en uitroeptekens. Dus: Ik haal het onkruid in de schuin oplopende borders weg. 'Dat verdomde riet ook overal.' Ik krijg pijn aan mijn rug. 
Als er een uitroepteken of vraagteken staat, valt de komma weg: Bij de kerstlunch vertelt hij met twinkelende ogen over een zelfgemaakte taart. 'Zélf dus!' roep ik, 'en niet door zijn vrouw!' 

*Zelf dus! denk ik >> een uitroepteken of vraagteken voor 'denk ik' wordt doorgaans afgekeurd, dus op die plaats komt een komma. Om toch nadruk aan te geven, kun je een accent gebruiken: Zélf dus, denk ik

Mooie reactie, @Roos' redactie. Denk dat daar weinig aan toe te voegen is :)